Wir erinnern uns: Die Zitadelle steht kurz vor der Explosion und Gordon flieht in einem Zug mitsamt Alyx in Richtung der geheimen Rebellenbasis „White Forest“. Kurz nach dem Verlassen der Stadt explodiert die Invasionszentrale und der Spieler erblickt die Druckwelle der Explosion, die sich gefährlich schnell nähert. Hier endet Episode One mit einem unerträglichen Cliffhanger, der zur zweiten Episode überleitet.
Am Anfang der zweiten Episode erwacht der Spieler innerhalb des eben erwähnten Zuges. Leider hat dieser die vergangenen Ereignisse nicht überstanden und ist an einem Berghang mit Brücke entgleist, der in ein kleines grasbedecktes Tal samt See führt. Am Ende des zerstörten Zuges befindet sich eine Tür, die man aber nicht öffnen kann. Prompt erscheint Alyx und schnappt sich das herumliegende Gravity Gun, um die Tür zu entfernen und die kultverdächtige Waffen Gordon in die Hand zu drücken.
Nach kurzer Bedenkzeit stößt der Wissenschaftler die Tür eines ehemaligen Zugwagons beiseite, die den weiteren Weg im Tal blockiert hat und erblickt von einer kleinen Anhöhe aus die zerstörte Zitadelle. Diese löst einen großen Portalsturm aus, der die nähere Umgebung in Mitleidenschaft zieht und ein Super-Portal erschafft, das es später zu zerstören gilt. Das kleinere Tal, welches von einer großen Brücke überzogen wird, bleibt vom Portalsturm auch nicht unbeschadet. Der ehemalige Zugübergang stürzt ins Tal und legt eine Mine frei, durch die man sich kurzerhand begibt. Leider ist das Ende von Brettern versperrt, die aber der Kraft eines der HL2-typischen Physikrätsel nichts entgegen zusetzen haben.
Auf der anderen Seite in gleißendes Sonnenlicht getaucht, erblickt man ein Funkhaus, in dem Alyx ihren Vater samt Forscherkollegen anfunkt. In dieser Szene bekommt man Dr. Magnusson vorgestellt, der auch in Black Mesa arbeitete. Leider wird der nette Plausch von Combine unterbrochen, die nichts Gutes im Schilde führen und erstmal erledigt werden wollen. Nach einem kurzen Intermezzo erreichen Gordon und Alyx ein altes Gebäude, bei dem ein Hunter den beiden auflauert. Es gelingt ihm, Gordon außer Gefecht zu setzen und Alyx schwer zu verwunden. Ihren Tod verhindert ein Vortigaunt, der den neuen Gegner besiegt und Gordon den Weg weist. Er selbst wird seine Mitstreiter um Hilfe bitten und stößt Kommunikationsgeräusche der Vortigaunts aus.
Nun trennen sich Gordon und der Vortigaunt, der Alyx trägt, und man muss sich durch eine Vielzahl an Minenschächten schlagen, die von Antlions bewohnt werden. Dort trifft man auf zwei neue Antlion-Abkömmlinge: Die Larven, die Lebenspunkte wiederherstellen und die Acid-Worker, die mit Säure angreifen. Immer tiefer schlägt man sich jetzt durch das Nest der Ameisenlöwen bis man durch einen Nebentunnel in eine größere Höhle kommt, die mehrere Minenschächte vereint. Dort trifft man auf den bereits an der verwundeten Alyx arbeitenden Vortigaunt und zwei gesellige Rebellen, die sich andauernd streiten. Nach kurzer Zeit machen sie dem Spieler klar, dass er ihnen Hilfe leisten muss, da er durch sein Eindringen die Antlions zu ihnen geführt habe. Eine kleine Einführung in das Waffenarsenal offenbart Bewegungssensoren, die die Orte der Antlion-Angriffe anzeigen und deren Stärke bestimmen können. Zur Verteidigung stehen Munition, viele Tretminen und zwei Turrets zur Verfügung. In mehreren Wellen hält der Spieler nun die Ameisenlöwen zurück, bis die restlichen Vortigaunts erscheinen und die letzte Welle alleine bezwingen.
Nachdem die Antlions zurückgeschlagen worden sind, machen sich die Vortigaunts daran, Alyx zu heilen, was aber nur mit Hilfe eines besonderen Larvenextrakts erreichen werden kann. Diesen findet man natürlich nur noch tiefer in den Gefilden des Ameisenlöwen-Baus. Glücklicherweise wird man von einem Vortigaunt begleitet, der tatkräftig zur Seite steht und Durchgänge mittels Energie-Attacken öffnen kann. Nach einer unangenehmen Tour durch die Höhlenschächte und einem Kampf mit einem Antlion-Guard, den man nicht besiegen darf, erreicht der Spieler samt Vortigaunt das Extrakt und rettet Alyx. Bevor diese vollständig geheilt werden kann, unterbricht der Sichtkontakt durch G-Man, der eine Nachricht an Gordon loswerden möchte. Er sitzt innerhalb des Black Mesa-Empfangs und redet von seiner Verbindung mit Alyx, die er damals aus Black Mesa geholt habe. Kurz darauf wird der Spieler Zeuge davon, wie der G-Man auf die am Boden liegende Alyx einredet und ihr den Auftrag gibt, ihrem Vater die Botschaft „Erwarte unvorhergesehene Konsequenzen“ weiterzugeben. Plötzlich befindet man sich wieder bei Alyx und den Vortigaunts, die sie nun vollständig wiederhergestellt haben. Noch leicht angeschlagen besteigt sie zusammen mit dem Vortigaunt und dem Spieler den Aufzug, der aus der Höhle führt.
An der Oberfläche sieht das Trio, wie eine große Streitmacht der Combine über eine nahe gelegene Brücke marschiert. Unbemerkt schleicht man sich in das nahe Tal und muss zunächst zwei Antlion-Guards besiegen. Kurz darauf erreichen die drei einen inzwischen aufgeriebenen Stützpunkt der Rebellen oberhalb von einem Säuresee, der vor allem von Zombies heimgesucht wird. Der Spieler versucht hier durch diverse Kletteraktionen, an ein Fahrzeug zu gelangen, während Alyx ihm mit einer Sniper-Waffe Deckung gibt. Nachdem die etwas kaputte Brücke zum Land durch das Verschieben von Autos in die richtige Lage gebracht wird, verabschiedet sich der Vortigaunt und lässt Alyx und Gordon mit dem frisch gefundenen Gefährt von Dannen ziehen.
Nun gelangt man in eine größere Szenerie, die hauptsächlich aus einer Landstraße besteht. Als erstes Ziel bietet sich ein Funkturm an, der sich dann aber gleich als Falle entpuppt. Nachdem einige Hunter besiegt wurden, macht man sich zu den nächsten Gebäuden in der Gegend auf. Alle liegen nahe der Landstraße, die durch das Gelände führt, müssen aber nicht gezwungenermaßen erkundet werden. Einige von ihnen sind von Combine besetzt und können freigekämpft werden, um an wertvolle Munition zu gelangen. So auch ein größeres Landgut, das eine waschechte Falle darstellt und das schicke neue Auto mit einem Energiefeld stoppt, das erst deaktiviert werden kann, nachdem man eine angreifende Combine-Kolonne zerrieben hat.
Gesondert zu erwähnen ist auch die erste Begegnung mit einem Advisor, der seine telekinetischen Kräfte benutzt, um Gordon und Alyx gefangen zu nehmen und erst in letzter Sekunde bezwungen werden kann. Später auf dieser Reise durch die HL2-Lande erlangt man noch ein Radar an einem kleineren Stützpunkt, mit dem einige Rebellen-Verstecke zu finden sind. Währenddessen soll Gordon sich um eine Geschütz-Batterie der Combine kümmern, die er umkreist und mit einer Granate ausschaltet. Nach all diesen kleineren Zwischenfällen erreicht man letztendlich White Forest.
Begrüßt wird das Paar von einem Strider, der in letzter Sekunde von Dog zerlegt wird. Nach einem kurzen Wiedersehen fährt man ein Rennen gegen den metallischen Vierbeiner, dessen Ziel die Rebellenbasis in White Forest ist. Dort angekommen werfen wir einen Blick in den Stützpunkt und treffen Dr. Kleiner wieder. Ihm zur Seite steht der ehrgeizige Dr. Magnuson, den man schon am Anfang der Episode kennen gelernt hat und der einen Zwischenfall aus Half-Life nicht vergessen hat (Erinnerung: In HL1 konnte man man eine Mikrowelle bedienen, deren Inhalt daraufhin zerplatzt ist). Einige Informationen werden aus dem Datenträger gewonnen, den Alyx seit Episode 1 bei sich trägt. Auf einem Video sieht man ein Schiff namens Borealis, das Aperture-Science-Behälter geladen hat. Wer Portal gespielt hat, dem sollte der Name dieser mit Black Mesa konkurrierenden Einrichtung geläufig sein. (siehe auch: Story-Seite zu Portal) Auch findet Kleiner die benötigten Daten, um das große Portal der Combine zu schließen.
Nach diesem Gespräch gibt es einen Zwischenfall in der Technik eines Silos, den Gordon beheben muss. Dort kann man das Weltraumgefährt besichtigen, das wohl von Lamarr bewohnt wird.
Kurz darauf gibt es ein Chaos, da die Combine offensichtlich die Basis entdeckt haben und den Start der Rakete verhindern möchten. Diese ist dazu gedacht, den Super-Portalsturm am ehemaligen Platz der Zitadelle mit Hilfe der Daten aus dem Datenträger zu vernichten. Nach einigen Kämpfen stößt Freeman zurück zu den Hauptcharakteren und setzt sich zusammen mit Alyx und Eli in einen kleineren Raum. Dort erscheint extrem kurz der G-Man auf einem Bildschirm und Alyx überbringt ihrem Vater die Nachricht „Erwarte unvorhergesehene Konsequenzen“. Eli setzt dieser Satz offensichtlich schwer zu und er schickt Alyx kurz weg. Dann bittet er Gordon, die Borealis zu zerstören, da er ein „zweites Black Mesa“ verhindern möchte.
Nun geht es ans Eingemachte und man verteidigt die Rebellenbasis vor einigen Angriffswellen bestehend aus Stridern und Huntern. Dazu stellt einem Dr. Magnuson ein neues Werkzeug zur Verfügung: Das „Magnuson-Device“. Es heftet sich an einen Strider an und explodiert bei Beschuss. So kann man effektiv gegen die Dreibeiner vorgehen, während man sich mit deren Begleitschutz herumärgern muss. Dieser besteht aus Huntern, die aber dank des Autos und diverser Physikobjekte schnell zur Strecke gebracht werden können. Nachdem man diese Bedrohung beseitigt hat, kommt es zur Endsequenz, in der die Rakete gestartet und das Portal der Zitadelle geschlossen wird. Nun muss man sich auf den Weg zur Borealis machen, den man mit einem Helikopter antreten möchte.
In der Schlussszene wird der Spieler mit einem dunklen Ende konfrontiert, da ein Advisor Alyx, Eli und Gordon auflauert und Eli tötet. Dog kann ihn aufhalten, bevor Alyx und Gordon ebenfalls erledigt werden können. Mit dieser für Trilogien sehr oft gewählten, düsteren Endeinstellung endet Half-Life 2: Episode 2.
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