Major Archer, Held des Spiels, landet 5 Jahre vor Beginn der "spielbaren" Story zusammen mit 2 Platoons Gunmen und unter der Leitung des ruhmreichen Generals auf einem unbekannten Alien Planeten namens Banzure Prime. Dort soll Major Archer nach einer verschollenen wissenschaftlichen Expedition suchen.
Die Gunmen geraten auf dem Planeten allerdings selbst in größte Gefahr, da
eine unbekannte, riesenhafte Alien Spezies (später als Alpha Species Xenome bekannt)
die Soldaten angreift und die Platoons bis auf ein Drittel dezimiert. Major Archer befiehlt den Rückzug von dem Planeten. Indes kämpft der General mit einer Handvoll verbliebener Gunmen immer noch verzweifelt gegen die übermächtige Monster-Spezies an.
Unter Annahme, die restlichen Gunmen und der General seien hoffnungslos verloren oder bereits tot, ziehen sich die wenigen Überlebenden zu ihren Heimatbasen zurück. Die Begegnung mit den Xenomes wird als Missgeschick abgehandelt, eine ernsthaftere Bedrohung sieht man nicht.
Etwa 5 Jahre später stellt sich das als fataler Irrtum heraus. Die Xenomes verbreiten sich von Planet zu Planet über sämtliche Grenzgebiete hinweg. Und dies, obwohl sie nicht einmal in der Lage sein sollten, interplanetar reisen zu können. Dazu erscheinen in immer kürzeren Abständen gefährlichere und besser angepasste Xenome Aliens, die scheinbar von unbekannter, mysteriöser Hand geleitet werden. Die Situation an den Grenzen spitzt sich zu: Immer mehr Kolonien werden von der gnadenlosen Alien Rasse überrannt.
Der Spieler erhält in der Rolle des Helden Major Archer den Auftrag, mit einem neuen Platoon die Raumstation Aeronautica im Grenzgebiet anzufliegen, um einen veralteten Gunman Verschlüsselungscode zu untersuchen. Das Signal wird von einem unbekannten Dschungelplaneten nahe des Xenome-verseuchten Gebietes ausgesandt.
Auf dem grünen Planeten gelandet, geraten die eigenen Männer kurz danach in einen heimtückischen Hinterhalt. Eine brutale Guerilla Armee verrichtet ihr blutiges Handwerk.
Chancenlos werden die Männer dezimiert - nur Major Archer überlebt den mörderischen Überfall der "Bandits". Die "Bandits" besuchen fremde Welten, um organische Proben von diversen Lebewesen wie z.B. Riesenechsen zu sammeln. Einzig mit der Intention, die DNA-Erbsubstanz in eigener Gen-Fabrik für die Zucht immer stärkeren und gefährlicheren Xenome Spezien zu nutzen. Die Bandits sind militärisch straff organisiert und werden gnadenlos geführt - von dem vermeintlich tot geglaubten General, der nun blutige Rache an den Gunmen schwört. Die Gunmen machten sich damals feige aus dem Staub und überließen ihn und seine Mannen auf einen Alien-verseuchten Planeten ihrem Schicksal.
Der General erkannte das Zerstörungspotential der Xenome Species und konnte sich ihre einzigartige, silikon-basierende Organstruktur zu Nutzen machen. Mit Hilfe der Aliens
als Bio-Soldaten, begann der General seinen Rachefeldzug, das besiedelte Universum zu unterjochen ...
Um die hasserfüllten Pläne zu vereiteln, reist der Spieler als blinder Passagier im Laderaum des Raumschiffs des Generals zum Ferrin Mond. Eine weitere Welt, die von den Xenomes gerade zerstört wird. Allerdings gehört dieser Planet nicht zur Föderation der Gunmen.
"Mainframe AI", der weibliche Supercomputer dieser Welt, hat den Planeten übernommen und führt nun einen erbitterten Kampf gegen Xenomes und Bandits.
Schließlich erkennt die Mainframe AI, dass Major Archer die gleichen Ziele verfolgt und
schließen ein Bündnis. Der Spieler soll die Mainframe AI vom verlorenen Ferrin Mond retten und erhält im Gegenzug Hilfe, die Heimatbasis des Generals zu erreichen und zu zerstören.
Major Archer und Mainframe AI fliegen nach Icnus, der neuen Heimat der Bandits. Nach einer Bruchlandung in der Wüste müssen Sie sich im harten Kampf gegen Bandits in Hubschraubern, Aliens und anderen Widrigkeiten mühsam den Weg ins Basislager des Generals zum finalen Showdown bahnen.
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