Xen ist wie viele andere Planeten von den Combine unterworfen worden.
Du siehst auch, wie die Vorts auf Xen die Alien Grunts produzieren. Das sind in diesem Fall auch Combines.
Sie nehmen Welten ein und kombinieren ihre Technologie mit der auf dem entsprechenden Planeten befindlichen Technologie.
Und warum sollte nur der Vort, unter der aufsicht der Combine, Fesseln tragen, wenn die anderen keine mehr haben?
Und der Nihilanth war wie Dr. Breen ein Wächter bzw Oberaufseher, also einer von den Combine Auserwählter, der den Planeten kontrollieren/beaufsichtigen sollte.
Das steht auch glaube ich in Raising the Bar.