Da Shepphard ja zurückgelassen wurde und an der Stelle die BlackOps übernehmen sollten, geht es wohl erstmal ums Überleben. Und da ist es wohl sinnvoller mit den BM-Mitarbeitern zusammenzuarbeiten. Außerdem gab es ja keine direkten Befehle mehr. Da wäre es irgendwie blöd gewesen weiter Leute zu eliminieren, die eigentlich nichts weiter wollen, als das zu überleben.
Ich denke allerdings auch, dass man Shephard nicht mehr in einer offiziellen Episode sehen wird, da der Charakter ja nicht direkt von Valve ist.