Der Bug hat mit den Updates an sich eigentlich nichts zu tun, denn die Favoriten speichert Steam und Steam hat gar kein Update erhalten. Warum genau es nach einem Update nicht mehr funktioniert ist mir auch schleierhaft. Aber beim aktuellen Update ist bei mir z.B. nichts passiert, dafür allerdings beim letzten DoD:S-Update.
Die Einstellungen im Server-Browser werden in der Datei steam/config/serverbrowser.vdf gespeichert. Vielleicht ist dort ein Schreibschutz drauf oder die Datei ist sonstwie für Steam unbrauchbar geworden, dann einfach mal löschen.