Ich denke, das Potenzial ist da. Zu Star Wars gibt es auch jede Menge Literatur, die komplett eigene Geschichten im selben Universum erzählen. In Marvels Cinematic Universe ist beispielsweise Guardians of the Galaxy recht losgelöst von den anderen Filmen, aber doch gut ins Gesamtuniversum integriert.
Aber wo du mit deinen Bedenken Recht haben könntest: Es gibt einfach noch kein so großes Universum zu Half-Life, das Potenzial ist da, einfach nur dadurch dass es die Combine/Universal Union gibt. Aber die ganze Story dahinter ist noch im Geheimen.
Angenommen, ein Film ohne Gordon und Co. würde im Reich der Universal Union spielen. Dann müssten diese fehlenden Infos komplett neu erdacht werden, und möglicherweise wäre dann nicht Marc Laidlaw als ein Hauptautor für Half-Life involviert, sondern ein externer Story- und Drehbuchschreiber. Das könnte zu Inkonsistenzen führen mit dem, wie sich Valve und Laidlaw das HL-Universum vorstellen.
Ich finde, wenn man sich schon dafür entscheidet, nicht Gordons Geschichte zu verfilmen, muss muss sogar eine gewisse Distanz dazu wahren. Angenommen, man würde Mossmans Geschichte in der Antarktis verfilmen, oder das was Eli und Kleiner machen, während Alyx und Gordon unterwegs sind, ohne dass die beiden vorkommen. Dann wäre man enttäuscht, dass es im Grund zur Hauptstory gehört, aber niemals Gordon gesehen hat.
Deswegen fände ich eine Rebellenstory im Sinne eines Kriegsfilms oder Dramas, oder eines einfachen Zivilisten, denkbar. Alternativ ließe sich das auch als Soft-Science-Fiction durchführen, bei dem es weniger um Wissenschaft, sondern mehr um Politik und Gesellschaft geht, z.B. der Formation von Rebellengruppen und deren Untergrundnetzwerken.
Ich hab's! [ACHTUNG SPOILER ZU HL2] Man könnte den Zeitraum verfilmen, in dem Gordon und Alyx im "Teleportationsloop" feststeckten und eine Woche lang am Teleportieren waren, während Nova Prospekt zerstört wurde und daraufhin die Rebellion begann. Das wäre eine super Begründung, weshalb die Hauptcharaktere nicht auftauchen. Und am Ende, möglicherweise sogar in einer Mid- oder After-Credit-Scene (die ich sehr liebe), könnte man eine Andeutung darauf machen, dass Gordon und Alyx gleich aus dem Teleporter kommen. Ich stelle mir da z.B. einen mit einer Schrotflinte bewaffneten Dr. Kleiner vor, der in Richtung Teleportationskammer läuft.