CS:GO nutzt zwar das SWF-Dateiformat, aber nicht Flash, sondern Scaleform als Player. Ob das sicherer ist, weiß ich aber nicht. Scaleform kommt übrigens auch bei Dota 2 zum Einsatz, das schon unter Linux verfügbar ist.
Ich denke nicht, dass sie das rauspatchen werden, denn fast das komplette UI läuft in CS:GO darüber.