Ich nutze auch den BEE-Mod für Portal 2 und habe keine Probleme damit.
Rufe Steam auf gehe auf Bibliothek, dort sollte dein Portal 2 erscheinen, klicke mit der rechten Maustaste auf Portal 2.
Nun Eigenschaften auswählen.
Es öffnet sich ein neues Fenster, dort auf den Reiter Lokale Dateien klicken, und dann auf Spieldateien auf Fehler überprüfen klicken.
Darauf hin werden alle Notwendigen Dateien überprüft und gegebenenfalls neu runter geladen.
Ich musste das auch ein mal machen, weiß aber nicht ob es daran lag das ich BEE-Mod installiert hatte.