Da Aperture Science früher schon Duschvorhänge für das Militär gemacht hat, denke ich mal, kann man auch dafür ausgehen, dass Aperture Science auch in anderen Gebieten für das Militär gearbeitet hat. Besonders mit der Portaltechnologie.
Ich denke nämlich, dass AS den Auftrag vom Miltär bekommen hat, ihre Kriegsschiffe zu den Feinden hinzupotieren. So spart man die Wegkosten und der Überraschungsangriff ist viel wirkvoller.
(Vergleich mit http://de.wikipedia.org/wiki/Philadelphia-Experiment, wo es um eine Tarntechnologie geht. Aber ich denke mit Portal ist das Prinzip gleich.)
AS wird wohl an ihrem eigenen Schiff, die Borealis, getestet haben. Dabei ist ihnen wohl ein Fehler unterlaufen bei den Koordinaten oder so, so dass das Schiff in der Arktis gelandet ist. Danach hat man wohl auch keinen weiteren Versuch unternommen das Schiff wieder zu bergen.
Die Combine werden wohl das Schiff am Anfang entdeckt haben, als sie die Erde betreten hatten, und sich einige Technologien unter den Nagel gerissen haben. Wie zum Beispiel die Kraftfeldmauer, die nur bestimmte Sachen zulässt. Danach haben sie um das Schiff herum auch ihre Festung gebaut. (http://www.abload.de/img/ep2_outland_11b0001emp.jpg - Man sieht sehr schön, dass da Licht ist und Kräne. Die Kräne sind wohl von den Combine die gerade Ladungen von AS aus der Borealis rausholen, um sie dann wohl anschließend zu nutzen)
Jedoch können sie noch keine wirklich guten Pläne der Portalkanone gefunden haben, da sie zu diesem Zeitpunkt noch nicht das Produkt war, wie wir es aus dem Spiel kennen.
Denn das Schiff war in dem Testgelände in Aperture Science, in dem noch eine sehr unausgereifte Portalkanone getestet wurde. (Man sieht in einem der Test eine Zeichen mit einem Menschen un der Portalkanone. Sie war damals so groß wie ein Rücksack und war auf den Rücken aufgesetzt).
Die Portalkanone wie wir sie heute kennen wurde wohl viel später entwickelt als der Unfall war. Denn als Chell die Test durchlief, testete man die neueste Version der Portalkanone. (Sonst würde man ja keinen Grund haben zu testen).