Ich glaube das die Combines ( zu deutsch zusammen gefasst oder auch ein Kartell ) - Menschen sind die direkt für die Einrichtung in der auch der GMan arbeitet arbeiten. Evtl. ist es ja ein Konzern der auf Xen neue Technologien entwickelt hat und damit jetzt die Vorherrschafft auf der Erde übernimmt - klingt abwegig ich weiss, ist aber durchaus nachvollziehbar.
Edit:
Gerade kam mir noch eine Idee:
Vieleicht sind damals in BlackMesa ja noch weitere Dimensionstore geöffnet worden und die Combines kommen aus eben einem dieser - und von dem Turm aus kontrollieren sie die Menschen - DIe ganzen Combine-Soldaten sind demnach normaler Menschen die aber unter dem Einfluss der Combines stehen