Es steht für mich außer Frage, dass man mit Elementen aus Portal in Ep 3 konfrontiert wird. Portal gehört für mich zum HL Universum. In Portal selber wird ja auch Black Mesa genannt, bestes Beispiel hier ist der Beamer der zeigt, wie viele Geldmittel Black Mesa im Vergleich zu Aperture Science zur Verfügung stehen. Außerdem sagt GLaDOS ja auch, dass nichts mehr so ist, wie es einmal war --> Combine Invasion.
Ich persönlich glaube, dass mit dem Ende von Portal, wo GLaDOS ja Still Alive singt, die Borealis sozusagen "aktiviert" wird und plötzlich in der Arktis auftaucht.
Ganz am Ende von Portal war ja diese Szene, wo die Kerze vom Kuchen gelöscht wurde. Gleichzeitig fingen ja auch die ganzen Kugeln mit den roten Lichtern an, aufzuleuchten. Ich könnte mir Vorstellen, dass diese "Kugeln" eine Art Backup von GLaDOS sind, das sich somit nach der Zerstörung aktivierte.
Ich weiß; reine Spekulation