Wie du gut und richtig erkannt hast (und auch - Lob! - in einem schönen Posting sauber dargestellt hast) gibt es deutliche Ähnlichkeiten zwischen manchen DIngen in Portal und in Half-Life. Deswegen ist man sich unter Fans auch einig, dass Portal ein Teil der HL-Serie ist.
Darüber hinaus wird in HL2 deutlich, dass es wohl die Teleportationstechnologie der Erdbewohner ist, die für die Combine so attraktiv ist. Z.B. sagt Judith Mossman zu den Combine, Eli vance müsse geschützt werden, um seine Forschungen weiterzutreiben. Es ist nämlich so, dass selbst Eli und Kleiners Technologie, die ja im Vergleich zum Portalwerfer regelrecht primitiv ist, der Technologie der Combine immer noch überlegen ist.
Somit ist es kein Wunder, dass die Serie in Episode 3 auf der Borealis ihrem Höhepunkt entgegenstrebt.