Also ich persönlich habe folgende Theorie zur entstehung der Combines:
Vor Millionen von Jahren hat sich aus unerfindlichen gründen ein portal in ein Parraleluniversum geöffnet durch das dann eine kleine gruppe von Menschen ging und diese Erde dann auch bevölkerten.
Aber diese Hat sich nur ganz anders entwickelt:
Sie setzten vor allem auf das Militär hatten dann aber bald keine Rohstoffe mehr. Dann gelang es ihnen Portale in andere Dimensionen zu öffnen die sie dann eroberten und sämtliche Rohstoffe Mitnahmen um noch bessere und gefährlichere Waffen entwickeln zu können.
Versehentlich stießen sie dabei jedoch auf eine dimension die ihrer immer noch Weit überlegen war. Und aus dieser Dimension stammen die Advisors die das eindringen der Combines bemerkten und daraufhien die Combines mittels Gedankenkontrolle zu übernehmen.
Dann nachdem Gordon Freeman das Portal nach Xen zerstörte blieb ein Riss Im Raum-Zeit-Gefüge der dazu führte dass ein portalsturm begann. Es entstanden Portale zu den verschiedensten Dimensionen die meisten waren jedoch unbewohnt. Bis Auf die der Combines (und vielleicht kamen ja auch so die Antlions auf die Erde). Die Combines sahen das Portal in iher Dimension und sandten daraufhin Späher zur Erde. Mittels den Informationen die diese sammelten und einem Neu Konstruierten Portal der Combines zur Erde gelang es den Combines dann die Erde halbwegs zu übernehmen.
Und wegen dem Anfüher der Combines:
Im letzten Level In Half-Life² wo man Breen verfolgen muss sieht man doch Breen auf einen Monitor sehen. Darauf ist etwas zu sehen dass so aussieht wie ein Advisor nur viel Größer das schätz ich mal ist dann der Oberanführer der Combine
So weit meine Theorie ich kann nicht garantieren dass es stimmt aber es wäre logisch^^