Ich würde dir diesen Bericht zu herzen legen, ist zwar auf Englisch und für Xbox 360 Controller gedacht, wird aber auch schon mit anderen funktionieren. Wichtig ist nur, dass du halt eine neue CFG Datei erstellen muss mit deinen Einstellungen und sie dann beim Spielstart per "exec" Befehl ausführst:
https://support.steampowered.com/kb_article.php?p_faqid=421