NTFS ist propietäres Dateisystem und deswegen nutzen manche es nicht. Linux-User kennen das Problem, auch wenn es mittlerweile Module gibt, die auf NTFS zugreifen können (lesen und schreiben).
Schade, dass Windows kein Ext3/Ext4 nativ unterstützt. Dann wäre das System schonmal offener für mehrere Plattformen.