Bullshit...
Die Vortis auf Xen wurden von den Combine genauso kontrolliert wie in HL² die Menschen auf der Erde (deswegen auf die sexy Hals- Armbänder, die die Vortis tragen. Ich denke mal, ob sie auch in der Vortessense kontrollieren. Die Menschen in HL² brauchten solche Kontrollbänder nicht, weil sie von Natur aus schon zu blöd sind, mit der Vortessense zu hantieren). Der Nihilanth ist das Xen-Pendant zu Dr. Breen, quasi vorgetäuschter Herrscher über die Welt und Kontaktperson zu den Combine.
Die Vortis wurden schon Jahre, Jahrzehnte oder vllt sogar Jahrhunderte von den Combine kontrolliert. ERST DANN kam Gordon durch den G-Man nach Xen, wo er den Nihilanthen tötete, die Verbindung zu den Combine abbrach und die Vortis befreit werden konnten. Aus Furcht vor einer Wiederkehr und erneute Kontrolle durch die Kombine sind die verbleibenden Vortis von Xen zur Erde geflüchtet und haben sich dem Widerstand angeschlossen.
Und als Eli "unser gemeinsamer Freund" sagte, war Freund absolut ironisch gemeint. Deswegen auch der Titel mit "Feind", denn der G-Man hat das ganze Chaos auf der Erde erst in Gang gebracht.