Steam Cloud ist unnötig, das macht Minecraft (abgesehen von den eh nicht so wichtigen Achievements) sowieso automatisch.
Minecraft wird übrigens immer über eine jar-Datei gespielt, die Java-Applikation im Browser ist halt schlichtweg etwas unhandlicher und mit einem störenden Browser aussenrum
Die Server werden nicht automatisch besser, denn die sind ja auch heute nicht von Mojang betrieben. Matchmaking ist in Minecraft etwas schwierig und einen Server-Browser bekommen wir auch irgendwann von Mojang, damit hat Steam ebenfalls nichts zu tun.
Prinzipiell ist Steam natürlich schon praktisch, aber durch die so schon maximale Portabilität hält sich der Mehrgewinn für die User in Grenzen, und Steam macht auch ohne Minecraft genug Umsatz