Ich persönlich glaube, dass der "aperture science container" auf der Borealis, die man in hl2ep2 gesehen hat der einzige Bezug vom HL-Universum zum Portal-Universum bleiben wird. Man kann ihn dann wohl als eine Art Gag sehen.
edit: hab diese Powerpoint Präsentation oder was auch immer, die man in Portal sieht, in der Black Mesa genannt wird vergessen. Ich denk trotzdem, dass wir in ep3 nichts mehr von aperture science hören werden.