natürlich bleibt alles spekulation.
AS und BM standen in direkter konkurenz zueinander. die borealis wurde vermutlich übereilt als ergebnis dieser konkurenz gebaut. es liegt also nahe, dass sie zeitgleich oder vor dem zwoschenfall in black mesa verschwand.
glados berichtet im endkampf, dass sich die welt draußen verändert hat, auch sie nciht weiß was draußen vor sich geht und sie das einzige zwischen chell und "ihnen" ist.
damit sind sehr wahrscheinlich die combine gemeint. die vermutung liegt also nahe, dass zum zeitpunkt von portal die combine herrschaft bereits etabliert ist.
deshalb sollten zerstöhrung von glados und verschwinden der borealis nicht in kausalem zusammenhang zueinander stehen.
ich glaube mich dunkel zu erinnern, dass mit der zerstöhrung einer citadelle auch die anderen zerstöhrt wurden. da bin ich mir aber ehrlich gesagt nciht sicher. trozdem wäre die borealis, die ja wahrscheinlich ebenfalls die portaltechnologie beherbergt eine chance für die combine, ein neues portal zu öffnen.