Also ich kann mir nicht vorstellen, dass es da Probleme mit VAC geben wird. Bei mir wurde keine einzige bestehende Datei ersetzt, es ist nur ein Ordner mit Dateien hinzugekommen. Insofern ist das eigentlich auch kein Patchen.
Wenn Valve das unterbinden will, dann verhindern sie einfach, dass die alternativen Dateien automatisch geladen werden.